Подложить свинью кому (разг.) — устроить неприятность. (Толковый словарь русского языка (1992 г.) Ожегова С.И., Н. Ю. Шведова, "Свинья")
Подложить свинью кому (разг.) — перен. устроить большую неприятность кому-нибудь, сделать свинство. (Толковый словарь (1935 – 1940 г.) Д. Н. Ушакова, "Свинья")
Видимо выражение пришло в русский язык от мусульманских народов (скорее всего татар), у которых употребление в пищу свиньи запрещено религией. Если выяснялось, что мусульманин съел мясо свиньи (не зная этого) говорили "подложил свинью". Потом русские стали использовать выражение как крылатую фразу, обозначающую неприятность вообще.
Примеры
Зощенко Михаил Михайлович (1895 – 1958)
"Небрежность и легкомыслие" (1936 г.):
"И жакт, возможно, уже успел свинью подложить."
Гашек Ярослав (1883 – 1923)
"Похождения бравого солдата Швейка" (1923 г., перевод П.Г. Богатырёв (1893 – 1971)), ч. 4, гл. 4:
"У меня вы числитесь как утонувший во время купания. Вы вообще не должны были возвращаться и причинять нам неприятности с двойным мундиром. Вы и понятия не имеете, какую свинью вы подложили батальону."
Репин Илья Ефимович (1844 – 1930)
"Далекое близкое" (X Cтaнoвoй):
"Нy, и ecть милыe пpиятeли-дpyзья: пoтexи paди oни вceгдa ищyт cлyчaя пoдлoжить дpyгy cвинью"
Чехов Антон Павлович (1860 – 1904)
"Соседи" (1892 г.):
"И, чтобы подложить ему свинью, понимаешь ли, стали все негодующие прапорщики и подпоручики собирать деньги по подписке в пользу несчастной девицы."
"Драма на охоте" (1884 г.), гл. 1:
"На лице Пшехоцкого я прочел желание побеседовать со мною. Откуда могло явиться такое желание после той «свиньи», которой я угостил его в тот вечер, и откуда такая перемена в обращении?"
Паустовский Константин Георгиевич (1892 – 1968)
«Повесть о жизни», «Время больших ожиданий» (1958 г.):
"Подождите, он еще подложит вам такую свинью, что вы проклянете день своего рождения. Вы все, московские, какие-то сентиментальные."